临床上尿道炎的症状有多种，主要有：
1、潜伏期：1~4周，病人有疲劳、感冒等抵抗力下降、不洁的性生活史。
2、尿道分泌物少，稀薄，粘液性或粘膜脓性。较长时间不排尿（如晨起）尿道外口可溢出少量稀薄分泌物。有时仅表现为晨起痂膜封住尿道口或污染内裤。检查时，需由后向前按挤前尿道才可能有少许分泌物由尿道口溢出。有时病人有症状无分泌物，也可无症状而有分泌物。
3、急性期尿道口红肿，有尿道分泌液，开始为粘液性，以后转为脓性。尿道粘膜弥漫性充血、水肿，有时形成溃疡。
4、如果一次小便先后解在三只玻璃杯中，第一杯呈浑浊状态，而第二、第三杯小便却呈清晰状态，那就说明是前尿道炎；假如第三杯小便呈浑浊状态，第一、第二杯呈清晰状态，则说明是后尿道炎。
5、起病不如淋病淋病急，症拖延，时轻时重，但比淋病轻。约50%的病人有尿痛、尿道痒等症状。初诊时很易被漏诊。女性非淋菌性尿道炎更轻，无尿痛或轻微尿痛，可出现少量分泌物。有时宫颈也有炎症或糜烂，宫颈分泌物中有多数分叶型白细胞（高倍镜下每视野超过10个）。
6、极少数病人可伴发综合征：尿道炎、关节炎、角膜炎、结合膜炎及皮疹。
7、排尿时尿道有烧灼痛，尿频、尿急、耻骨上区以及会阴部位有一阵阵的疼痛，尿道部位按压痛。
8、常与淋病同时感染。前者先出现淋病症状，经抗淋病治疗后，淋球菌被青霉素杀死，而衣原体、支原体依然存在。在感染1-3周后发病。临床上很易被误认为淋病未治愈或复发。
9、尿道炎进入慢性期后症状减轻，尿道分泌物减少，呈稀薄浆液状态，但尿道有刺痛感觉或者排尿不舒适感觉。
10、尿检时有红细胞和白细胞，少数有肉眼可看见的血尿，尿道分泌物呈阳性，经培养后找到致病细菌。
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